大乘佛子在破参明心时，找到自己无始来的本来面目如来藏，般若正观现在前，能亲自现前领受如来藏的体性，亲见自心真如之理体，也就是如来藏的本来性、自性性、清净性和涅槃性；这种能够亲见自身真如无为性之总相体性，就称为般若总相智。菩萨在破参明心获得总相智以后，继续跟随真善知识修学般若系列的一切经典，也就是从种种不同的方向、种种不同的层面，来探究这个实相心与一切法彼此之间的关系；这都是属于般若别相智所含摄，在别相智圆满以后，应该继续熏修一切种智。所谓一切种智就是指第八识如来藏所蕴藏的一切种子，了知如来藏所含藏一切种子的智慧，就叫作一切种智。修学一切种智而还没有圆满者，譬如初地到等觉菩萨所修就称之为道种智。简单的说，一切种智就是指一切种子之智慧。
种子又叫作界，也叫作功能差别。如来藏中所含藏的一切种子，具有三种能变之功德，能够变现五阴世间以及能够辗转出生万法来。这三种能变识，就是大乘唯识经典中所说的心、意、识。这心、意、识为什么称为能变呢？那是因为第八识心祂可以变现出种种法来，不仅可以出生祂自己的功能差别，也可以变现出众生的五蕴、十八界以及六尘万法，所以称为第一能变识。第二能变识是指意根，也就是末那识，祂能变生识的种种执着，因此而有贪、瞋、痴、慢、疑等染污体性出现；也因此而导致有情众生的第八识共同变现出山河大地世间，而使有情众生得以在其中受种种之苦乐果报。第三能变识就是指意识心，祂能让有情产生对六尘境界的种种分别，并且能够变现出种种的世间法来。
接下来，我们就进一步来说明这三种能变识的功德：
首先说明第一能变识，第一能变识就是指第八识，梵语称为阿赖耶识，在天竺译为无没，也就是指不会消失之识；在中国则翻译为藏识，意思是说祂能够摄藏一切种子，生起万法，是一切有情生命的本源，也是众生生命的实相，所以称为藏识。这个第八阿赖耶识具有能藏、所藏、我爱执藏的意涵存在。
所谓能藏的意思是说，这个第八识能够贮藏万法种子，生起世间万法，因此第八识是能藏，种子是所藏。而所藏的意思，则是指种子在生起现行时，会受到能熏的七转识杂染法的熏习，受熏之后的新种子仍然会回藏于第八识心中；这个时候新种子是能藏，而第八识则是种子所藏之处。而我爱执藏的意思是说，第七识妄执第八识见分为我，对于自我的虚妄生起种种的贪爱、执着不舍，因此就称为我爱执藏；这个时候第七识是能执，第八识则是所执。
佛世尊于三藏十二部经中，广说这第八识有种种不同的名称，都是因为这第八识有种种不同的能变性而施设建立。接下来，我们就以第八识最主要的三种名称，来说明祂的能变功德：
第一叫作阿赖耶识，这是指有学位之三乘圣人以及一切凡夫异生的真实心。虽然离开能所分别，但却仍然具有能藏、所藏、我爱执藏的体性，能够摄藏一切杂染法而不会丧失，仍然含藏着能够引生分段生死之有漏法种，也就是仍然具有阿赖耶性存在，所以称为阿赖耶识。
第二叫作异熟识，这是指凡夫异生、阿罗汉、辟支佛以及一切菩萨，不论分段生死已经断除或者尚未断除，都还有善、不善业的异熟种子存在，能够引生未来世的异熟果报。因此，二乘无学圣人虽然断了分段生死，但却仍然不离变易生死；他们因为害怕分段生死的痛苦，所以在舍报时就取无余涅槃。而菩萨阿罗汉或八地以上的菩萨摩诃萨，虽然断了分段生死却不畏分段生死，以广大之慈悲愿行而受后有；虽然示现有分段生死，然而实际上却唯有变易生死。由于他们的真实心中还有能引生死异熟果报的种子存在，所以称为异熟识。第八识之所以有异熟的体性存在，正是第一能变识的功德所成，因此这个异熟识的名称函盖范围就极为广泛。
第三叫作无垢识，这是指佛子在历经资粮、加行、见道（通达）、修道、究竟等五位三大无量数劫的修行以后，而使凡夫地真实心中的一切有漏法种，转变为清净的无漏法种，这个第八识就成为无上清净诸无漏法之所依止，名之为无垢识真如。譬如禅宗中土诸祖所悟的真心就是指阿赖耶识，方便说为真如；又譬如西天大迦叶尊者，乃至达摩祖师等诸声闻阿罗汉回小向大以后，修学禅宗的般若禅而得开悟，乃是悟得异熟识，也方便说为真如；那是因为此时大圆镜智以及成所作智等佛地功德，还没有现前的缘故。
各位菩萨，综合以上所说我们可以知道：一切有情众生都有第八识，因为有分段生死之染污种子和所造业种，以及所含藏的前七识种子，具有集藏分段生死之集藏性存在，所以称这第八识为阿赖耶识。这个第八阿赖耶识，祂是本来具足，不是修行造作而得；祂远离能所分别，本性清净而有染污种子，藉着身根及觉知心才能生起现行，必须经由修行转变清净而生起般若实相之智慧。
假使修行者在闻受声闻解脱道之后而得以见道，以及其后能够继续努力修道断除思惑，不再有阿赖耶性，也就是不再有集藏分段生死种子的集藏性存在时，就成为阿罗汉；这时第八识改名为第九识—异熟识，也称为庵摩罗识，其实仍然是第八识，唯改其名不改其体。
如果阿罗汉们随后闻佛说大菩提成佛之道，能够心生欢喜而回小向大，进修佛菩提道，经由明心的七住位证得般若总相智，进修般若经所说之般若别相智；复又能不起自满之心，继续进修诸地所修之一切种智，而生起无生法忍进入初地，能断尽思惑而不断之，留一分思惑以润未来世受生，向诸地进修；从此以后，开始进断分段生死的习气种子，并进修无生法忍之一切种智，地地增上。一直到初地满心位时，能够取证慧解脱果而不取证，到三地满心时能证灭尽定之俱解脱果而不证之；初地三地菩萨舍寿时，能够取证无余涅槃而不取之；次第进修唯识种智而至六地，必定取证灭尽定而仍不入无余涅槃；继续进修七地之念念入灭尽定，八地之于色变现自在，于解脱道无功用行，以及由佛所授之引发如来无量妙智三昧等，渐至等觉位中；又于百劫中随处舍身受生，布施头目、脑髓、身躯、手足等，如是以百劫之无量内财而修相好，才能在最后身菩萨位时，具足成佛时所需之广大福徳资粮。福徳具足以后，在因缘成熟时降生人间，出家修行，断尽所留最后一分烦恼障习气种子，断尽最后一分极微细所知障随眠，成究竟佛道。此时之第八识改名为第十识，称为无垢识，又叫作果地真如。
如是进修而成就佛道，就名为佛菩提道，也称为大菩提道，这是因为不同于二乘菩提所修之解脱道的缘故。如是进修，渐渐转易第八识之内涵，使第八识之阿赖耶性及异熟性能够断除净尽，成为无垢识真如；这都是由于第一能变识，有这种大功德力所致。如果没有阿赖耶识之初能变性，就没有宇宙一切现象与万法之现起，也没有三乘一切法门之修行，乃至世间一切有漏有为法之修证，也都无法成就。
以上略说第一能变识。接下来，我们继续来介绍第二能变识：
第二能变识是指第七识—意根，又称为末那识。意根乃是十八界法所摄，归属于六根之中。六根之前五根是眼、耳、鼻、舌、身根，是有色根，属于色法；而意根则是无色根，乃是心法，非是色法。阿含诸经中说之为意，第三转唯识诸经中说为意、末那、遍计执识，祂是意识之俱有依。末那识处处作主，恒内执阿赖耶识为自内我，也执意识觉知心为我，复执五根五识为我，祂恒欲了别三界诸法，普遍计度，执为真实，所以名为遍计所执识；因此而说意根与我见、我慢、我爱、我痴等四烦恼恒共相随，乃至眠熟无梦时，亦不暂舍这四种烦恼以及内外执着；一直要到菩萨七住位真见道不退转之后，才能渐渐舍离这四种烦恼以及祂的执着性。
这个第七识不知道自己虚妄，普遍计度一切三界诸法为我、为我所，无始来覆障真如不执我、不作主、不起慢、不贪五尘等清净体性；一切有情之所以有贪、瞋、痴、慢等境界，都是这个处处作主之心所变现，所以说末那识意根是一切无明之根源。又因为这个末那识恒常不断地审察度量、处处作主、时时作主，因此成凡成圣悉凭末那识之人我执与法我执断与不断而有差别。
由于意根从无始劫以来一直恒审思量的缘故，所以产生了普遍计度执着的体性，也因为这种执着性，使得众生不断地轮回三界生死。然而祂的这种执着性是从哪里来的呢？是由无量世以来，被意识错误的教导熏习而来。熏习越久，意根的执着性就越强，所以意根是一个习惯性比重很大的执着心。由于意根种子从如来藏中不断地流注而出，无始劫以来未曾刹那间断（不像意识觉知心在眠熟、闷絶、正死位、入无想定、入灭尽定时会断灭消失），于一切时中恒时不断地审度一切法尘，而处处作主、时时作主，不断地指挥六识造作种种善恶业，所以说末那识恒审思量一切法。
从另外一方面来说，意根末那识恒与相分相应，无有中断时，白天清醒位时，恒藉内相分而与外相分相应，眠时梦中俱与外内相分相应，眠时无梦则藉内相分与外相分相应，无始劫来恒常运转，未曾有一刹那间断，所以说此心恒、审、思、量。若无此心，一切人不能于睡眠中醒觉，一切修行者也不能于无心定中出定；乃至一切有情虽能分别觉知，而悉不能造作一切事业，都将像植物人一样，虽然能够觉知痛痒，但不能自行的搔抚，也没有办法向别人表示意思请求协助处理。所以说必须有意根刹那刹那作主思量，才能有有情的一切行为产生。
这个意根虽然无始劫以来恒审思量一切法，而不曾刹那间断，但是祂却是可以灭除的。譬如二乘无学圣人断了意根的自我执着以后，舍寿时便可以断除意根之自己而入无余涅槃，这个意根就永不复现，无有再生起运作之时；因此，意根是没有常住不坏之自体性者。
从另一个层面来说，意根末那识唯有第八阿赖耶识为其俱有依，不像意识等六心需有其他的俱有依，一定得依五根方能生起；因此，人在死亡以后，意根种子仍得从如来藏中流注而出，使意根继续现行而导致中阴身之从如来藏中出生。中阴身出生以后又有见闻觉知，死后依靠家人饮食祭拜的香气，可以维持中阴身的力气；这个中阴身到第六天开始衰弱，第七天时坏掉，觉知心再度无法现行运作；如是一七乃至七七，意根为了继续拥有见闻觉知心，于是在中阴阶段，由意识分别、观察、选择，再由意根决定去投胎。下一世出生的时候，虽然是同一个意根，但却是另一个全新的意识觉知心，因此根本记不得往世的事情，只知道要保持见闻知觉性来供自己所用；祂的分别性很差，但却是相续不断的。
这个意根的运作非常的细腻，即使在正死位、闷绝、眠熟、灭尽定、无想定位中觉知心灭了，祂还是继续不断地在运作着。这个部分都必须靠行者在悟后，一步一步的去亲自体验祂。末那识意根，虽然本身办不了大事，可是祂却很厉害，祂遍缘一切法（无有一法不缘）；解脱道的修证要靠祂，祂若不肯自己灭了来成就无余涅槃，谁也奈何不了祂；修学佛菩提道而成佛，也同样时时刻刻都离不开祂；乃至将来利乐无量有情，成就佛地广大无边的功德时，也得要看祂。修行愈到最后的阶段，和意根的关系就愈密切，所以值得我们好好深入的去证解祂。
我们将举述 马鸣菩萨的开示，继续为大家说明意根的其他体性。
《大乘起信论》云：此意复有五种异名，一名业识，谓无明力不觉心动。二名转识，谓依动心能见境相。三名现识，谓现一切诸境界相；犹如明镜现众色像，现识亦尔，如其五境对至即现，无有前后，不由功力。四名智识，谓分别染净诸差别法。五名相续识，谓恒作意相应不断，任持过去善恶等业，令无失坏；成熟现、未苦乐等报，使无违越；已曾经事忽然忆念，未曾经事妄生分别。
马鸣菩萨说，这个意根有五种不同的名称。
第一个名称叫作业识。意思是说，意根从无始以来一直恒审思量，处处作主，时时作主，不断被觉知心错误的思惟所熏习，使得祂与无明业力相应，祂的体性因而被转变为普遍计度执着；又因为与烦恼恒时相应的缘故，所以就会让觉知心不断现行，意根不断地执取觉知心和如来藏的无漏有为法的功德，据为己有，因而不肯让自己及所附带的意识觉知性消失掉；所以就一定会造作种种的业行，而导致不断地继续去投胎受生，众生也因此而不断地轮回生死，永无休止。因此意根又叫作业识，造业的是祂，承受苦乐业果的也是祂，使业种的果报现行的还是祂，所以说意根是轮回三界生死的根本。
