三界唯心、万法唯识是佛教的根本理论，有人据此指责佛教是唯心主义，这里先辨析作为哲学两大阵营----唯物论与唯心论的偏颇之处，再来区别三界唯心与唯心主义之不同。
哲学有一个基本的问题，就是物质与意识（精神）谁是第一性的问题，也就是先有物质还是先有意识（精神）的问题，并据此划分唯物主义、唯心主义。唯物论主张先有物质后有意识、意识是物质的产物。唯心论主张先有意识（精神）后有物质、物质是意识（精神）的产物。
唯物论者观察到只有人体保持正常的生理活动，才有意识现象的存在，若身体失常，譬如大脑被麻醉了，或者人死了，意识就不存在了，于是据此得出了物质决定意识的结论。譬如我国南北朝时期的范缜就认为，精神如同刀的锋利，如果离开了刀（人体），就不会再有锋利（精神）的存在。唯物论的观点比较实在，很容易为人所理解、观察、接受。
唯心论者观察到物质是没有灵性的，而人是有灵性的，故人并非纯粹是物质的。譬如观察到人身（包括大脑）不过是血肉之躯，单纯的血与肉无论如何组织，都不可能产生灵性、思想。人体犹如电脑的硬件（肉体、大脑），离开了软件（心），就是一堆无用的废铁。于是唯心论者就推断：既然肉体（包括大脑）没有灵性，就没有精神与意志，那么精神（意识）必然是原本就存在的，物质只能是精神（意识）的产物，故精神（意识）是世界的本原。譬如古希腊哲学家柏拉图认为，世界是由理念世界与现象（现实）世界组成的，理念世界是真实的存在，现实世界只是理念世界的影子。中世纪经院哲学认为灵魂是精神实体，可以脱离肉体而存在。被誉为现代哲学之父的法国哲学家笛卡尔提出了意识与物质相互独立的二元论，英国经验论的代表人物巴克莱主张意识是世界的本原。唯心论的观点比较抽象，难以理解与观察。
唯物论与唯心论所作的观察与推论都有一定的道理，但也各有偏颇之处。
唯物论认为事物都是由各种因素在一定条件下组成的，都处于运动中，也都会坏灭，这类似佛教的缘起论。因为无明，唯物论者观察不到不生灭的心（第八识）在作用，只能观察到有生灭的心（识蕴的六识）的存在。识蕴的六识心，须以六根、六尘相触为缘，由藏识流注六识种子，六识心才能现起；若身体毁坏，无根、尘相触，藏识便不流注六识种子，即无六识现象。由于唯物论者只能观察有生灭的心的一些生灭现象----如当人的大脑被麻醉后，就没有意识的存在了，于是就得出了一切唯物的结论，这是相当片面的。并且唯物论面对一些先天因素----秉性、天赋的时候，也无法作出合理的解释。譬如俗语说龙生龙凤生凤，老鼠天生会打洞，为什么不用学习，老鼠天生就会挖洞？孩子生下来就会啼哭、吃奶？唯物论认为是基因携带了遗传信息所致。然遗传基因是由脱氧核糖核酸(DNA)在染色体上作特定的线状排列所决定的，DNA仅仅是一种物质（大分子聚合物），如何会具有逻辑思维性，无需其他原因就能自行排列成携带遗传信息的基因？DNA经过特定的排列组合，如何就会让人（动物）具有灵性？若一切先天因素都是遗传基因发生作用的结果，那么一母所生的双胞胎，基因大致相同，后天生活环境也相同，为何有的个性、智商会相差很大？可知，先天因素绝非是由物质（基因）决定的，先天因素，以及DNA的排列顺序必然是由能储存信息且能作用于物质的心（藏识）所决定的，唯有心才有智慧，才有逻辑思维性。此心（藏识）必然在胎儿阶段就能作用于受精卵，使得受精卵能按照心的意愿去生长，若离开心的作用，受精卵仅仅是一团肉（物质），没有知觉，没有灵性，绝无法自行长成人类的模样。再者，若人身仅仅是物质的积聚，那么只要持续地增加营养，身体就应该能够不停地长高长大，事实显然不是这样的。是以遗传现象的背后，必然是具有灵性的心（藏识）在控制着这一切，唯物论无法发现此心（藏识）的存在，所看到只是表面现象而已。唯物论者认为人死如灯灭，不信轮回，不信因果报应，这种人生理念若不加以正确引导，有演化成极端利己主义的可能。今人大多信仰唯物论，过于迷信科学。科学乃三界有为法，只能研究物质世界的一些现象，无法切入心灵层面，是以许多科学家----如居里夫人、生、牛顿等仍有宗教信仰，且不论他们所信仰的宗教正确与否。科学发展于造福人类的同时，应朝向揭示真理以提升人类道德品质方面努力，依靠人类自身的善行所得的福报来改善现状，若将科技用于竞争劫夺，必将导致人类的自我毁灭。
唯心论者观察到物质（肉体）没有灵性，没有思想，认为精神（心）可以独立存在，观察的方向虽然正确，但是因为无明，他们和唯物论者一样，也不知道自心藏识的存在，故其所认为的精神----理念世界、灵魂、意识等，有的是臆想，有的是因缘所生法，都不能独自存在，更无法决定物质。
因此，无论唯心论，还是唯物论在解释物质与精神的关系时，都落于偏颇，唯有佛教所说的三界唯心，才能正确全面地揭示出物质与精神的本质。
虽然从哲学的角度来划分，可以将佛教所说的三界唯心划归唯心一元论（一元论是指主张世界的本原只有一个的哲学学说），但是佛教的三界唯心所说的心，并非唯心主义所说的理念世界、灵魂、意识、精神等，而是唯心主义所不知的本心第八识阿赖耶识（异熟识）。此心若经参禅开悟即可实证、体验，而非学术上的假想与推理。故佛法所说之三界唯心迥异于唯心主义的观点。
还有学人不明白佛说之心能造物的原理，遂将佛说之能生万法之藏识与一神教所说之第一因的造物主（上帝、梵）等同起来，其实二者的本质是完全不同的。譬如，佛教实证在无始劫以来，轮回之众生以及其所生活的宇宙器世间就存在，并非先有藏识，之后藏识再造出有情及器世间；一神教则认为先有造物主，而后造物主创造了一切。藏识与所造之众生非一非异，和合运作，藏识也能被其所造之众生的身口意行所熏；而造物主则是完全凌驾于所造物之上的。器世间是共业有情各自的藏识共同造就的，一神教则认为器世间是造物主一人所造的。藏识是无我性的，没有好恶，随缘应物而不作主，藏识所造器世间及有情色身之优劣所依据的是藏识内业种的染净程度；上帝是有我性的，上帝造物不是依据个人喜好，就是随心所欲……故不能把三界唯心等同于外道的第一因论。
